Doorgangskamp Westerbork bestond vanaf 1 juli 1942, nadat het kamp onder direct Duits bestuur kwam te staan. De eerste commandant was Erich Deppner. Vanaf 12 oktober 1942 tot de bevrijding was Albert Konrad Gemmeker de kampcommandant. Veel belangrijke posities in de kamporganisatie werden bekleed door Duitse Joden, die als vluchteling het kamp binnen waren gekomen voor de bezetting. Vanuit Doorgangskamp Westerbork vertrokken wekelijks, of twee wekelijks, transporten naar vooral Auschwitz en Sobibor. Op 13 september 1944 vertrok het laatste transport vanuit Westerbork.